Ο Γέροντας Παΐσιος τελικά προσβλήθηκε από καρκίνο, και νοσηλεύθηκε σε νοσοκομείο της Θεσσαλονίκης! Στο νοσοκομείο φρόντισαν το Γέροντα όσο μπορούσαν καλύτερα. Ο καρκίνος, όμως, προχώρησε τόσο, πού το τέλος ήταν πολύ ορατό.
Η αναχώρησή του για τους ουρανούς ήταν ζήτημα χρόνου. Γι΄αύτη την αναχώρηση, για την οποία προετοιμαζόταν σε όλη του τη ζωή, ήθελε να αφιερώσει και τον υπόλοιπο χρόνο της ζωής του στο μοναστήρι του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου Σουρωτής. Ο μακαριστός Χριστόφορος Οικονόμου ήταν κοντά του και σε γράμμα του περιγράφει την αναχώρηση του Γέροντα από το Νοσοκομείο:
